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Un nouveau virus appartenant au genre Orthobunyavirus, proche du virus Shamonda qui appartient au groupe Simbu dans lequel se trouve le virus Schmallenberg a été identifié le 31/07/2026 conjointement par le Friedrich Loeffler Institut et l’ENVT sur la base d’analyses génomiques sur échantillons de bovins.

Cette identification faisait suite à l’investigation de cas de diarrhée aiguë, accompagnés de fièvre, abattement et baisse de production laitière transitoire chez des vaches laitières en Allemagne (Bade-Würtemberg et Bavière) et en France en juin-juillet 2026 dans plusieurs départements de l’est de la France (Doubs, Ain, deux Savoie). Des cas similaires avaient été observés en Suisse (note VSI du 05/08/2026). Comme les autres virus du groupe Simbu, ce virus se transmet vraisemblablement de façon vectorielle via des moucherons piqueurs (Culicoides).

Cette émergence s’accompagne d’un impact clinique avec des conséquences sur la production laitière.

Une première étude sur 9 exploitations laitières en France a montré une chute de 15-75% de production laitière associée à des symptômes de diarrhée durant de 1 à 6 jours (8 à 100% des animaux selon les élevages), abattement, anorexie et dans une moindre mesure hyperthermie. Les observations sur les cas cliniques en Suisse font état d’une période symptomatique de 14 à 21 jours. Les impacts cliniques pourraient s’accroître dans les prochains mois pour les vaches infectées en cours de gestation, voire pour les petits ruminants.

En juillet, on a relevé une très forte augmentation des déclarations d’avortements et des mortinatalités dans les départements du Doubs et du Jura, mais le diagnostic de laboratoire n’étant pas encore disponible pour contrôler la présence de ce virus, il n’est pas possible d’imputer avec certitude ces événements à ce virus.

En Suisse, le virus a été détecté le 24/08/2026 sur des chevaux sur échantillons de cerveaux uniquement (tests sur sang négatifs).

Cette maladie n’est actuellement pas réglementée aux niveaux français, européen et international, mais certains pays tiers peuvent exiger des contrôles.

Les analyses génomiques et phylogénétiques ont montré que le virus détecté en France et en Allemagne est proche d’un virus Shamonda isolé sur des bovins au Nigéria en 1965 tout en étant distinct, allant dans le sens d’un nouveau lignage de virus Shamonda représentant une première détection de ce type de virus en Europe. Les données actuellement disponibles vont dans le sens de la diffusion de ce même virus en Belgique, Suisse, Pays Bas et France. Les modalités d’introduction et de diffusion restent inconnues.

Une méthode de détection de ce nouveau virus SHAV-Europe par RT-PCR a été développée en urgence par l’ENVT et commence à être utilisée par certains laboratoires départementaux.

Au 24/08/2026, le virus a été identifié par RT-PCR dans 18 départements (Ain, Hautes-Alpes, Ardennes, Calvados, Cantal, Côte d’Or, Doubs, Jura, Loire, Haute-Loire, Manche, Meuse, Nièvre, Puy-de-Dôme, Bas-Rhin : voir carte)

Comme avec le virus de Schmallenberg, un effet sur la reproduction des ruminants (avortements, malformations congénitales, mortinatalité) est à craindre et doit appeler les éleveurs à la vigilance.